Universitas Syiah Kuala (Unsyiah) didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 11 Tahun 1961 dan dikukuhkan oleh Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 161 Tahun 1962. Lembaga perguruan tinggi ini diberi nama Syiah Kuala untuk mengenang seorang ulama cendekiawan muslim bernama Syekh Abdul Rauf yang bermukim dan mengembangkan pendidikan dayah (pesantren) di muara Krueng Aceh (Kuala Aceh) pada abad ke-17 M. Ulama cendekiawan tersebut lebih dikenal dengan nama Teungku Syiah Kuala.

Pada awal peresmiannya, Universitas Syiah Kuala dipimpn oleh Kolonel M. Jasin dalam kedudukan sebagai Pj. Presiden. Berikutnya, Universitas Syiah Kuala dipimpin oleh Drs. Marzuki Nyakman dalam kedudukan sebagai Ketua Presidium. Selanjutnya, Universitas Syiah Kuala dipimpin oleh Rektor, secara berturut-turut: Drs. A. Madjid Ibrahim; Prof. Dr. Ibrahim Hasan, MBA; Prof. Dr. Abdullah Ali, M.Sc; Dr. M. Ali Basyah Amin, M.A; Prof. Dr. Dayan Dawood, M.A; Prof. Dr. Ir. Abdi A. Wahab, M.Sc,; Prof. Dr. Darni M. Daud, M.A, Prof. Dr. Samsul Rizal, M.Eng.

Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuala (PPs Unsyiah) ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Syiah Kuala nomor 256 Tahun 2002 tanggal 02 Desember 2002, merupakan hasil penggabungan beberapa program studi (prodi) yang sudah ada sebelumnya yaitu Prodi Magister (S2) Ilmu Ekonomi (MIE), Magister Manajemen (MM), Prodi Doktor (S3) Ilmu Ekonomi (DIE), Prodi Magister Konservasi Sumber Daya Lahan (MKSDL), Magister Administrasi Pendidikan (MAP), dan Magister Teknik Sipil (MTS).

Sebelum dikeluarkannya Surat Keputusan Rektor nomor 12 tahun 2016 tentang pemberlakuan prodi monodisiplin dan multidisiplin, total prodi sudah mencapai 36 buah terdiri dari 29 prodi magister dan 7 prodi doktoral. Setelah itu atau saat ini dengan diberlakukannya SK Rektor nomor 12, maka UPPS Pascasarjana hanya mempunyai 10 prodi yang terdiri dari 4 program doktoral dan 6 prodi magister. Akreditasi masing-masing prodi adalah B, kecuali 2 prodi C (sedang reakreditasi dan satu prodi lagi adalah akreditasi yang diberikan karena baru didirikan). Program Studi yang termasuk dalam Program Pascasarjana adalah sebagai berikut:

1. Program Studi Magister Konservasi Sumber Daya Lahan (MKSDL), berdiri pada tahun 1999 dan telah terakreditasi B No : 2885/SK/BAN-PT/Ak-PPJM/V/2020.
2. Program Studi Magister Administrasi Pendidikan (MAP), berdiri pada tahun 2001 dan telah terakreditasi B No : 6966/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/XI/2020.
3. Program Studi Magister Ilmu Kebencanaan (MIK) berdiri tahun 2011 dan akreditasinya B No 1777/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/III/2020.
4.  Program Studi Magister Pendidikan IPA (MPIPA) berdiri tahun 2011 dan telah terakreditasi B No 2991/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/V/2020.
5.  Program Studi Magister Pengelolaan Sumberdaya Pesisir Terpadu (MPSPT) berdiri tahun 2012 telah terakreditasi B pada tahun 2020<, No: 5524/SK/BAN-PT/Akred/M/IX/2020.
6. Program Studi Doktor Pendidikan IPS (DPIPS) berdiri tahun 2013, telah terakreditasi B pada tahun 2017, No: 4362/SK/BANPT/Akred/D/XI/2017
7. Program Studi Doktor Ilmu Pertanian (DIP) berdiri tahun 2013, telah terakreditasi B pada tahun 2017, No: 3886/SK/BANPT/Akred/D/X/2017.
8. Program Studi Doktor Ilmu Teknik (DIT) berdiri tahun 2014, telah terakreditasi B pada tahun 2017, No: 4837/SK/BANPT/Akred/D/XII/2017.
9. Program Studi Doktor Matematika dan Aplikasi Sain (DMAS) berdiri tahun 2014, telah terakreditasi B pada tahun 2017, No: 4177/SK/BANPT/Akred/D/X/2017.
10. Program Magister Pengelolaan Lingkungan (MPL), yang berdiri pada bulan Mei 2017 dan terakreeditasi B, No: 6252/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2020

Pelaksanaan kegiatan administrasi terpusat di Gedung utama UPPS, sedangkan proses belajar dan mengajar dilakukan pada Gedung utama dan juga di luar Gedung utama (fakultas). Untuk penerimaan mahasiswa baru, sebelum dikeluarkan SK nomor 12 tahun 2016, terpusatkan di Gedung UPPS, dan untuk saat ini semua penerimaan mahasiswa dilakukan oleh pihak rektorat Universitas. Kuota jumlah penerimaan mahasiswa dikeluarkan oleh pihak rektorat dengan terlebih dahulu mendapat masukan dari UPPS. Penerimaan mahasiswa dilakukan satu kali dalam setahun, dan tidak ada penerimaan dan penyelenggaraan kelas di luar kampus. Semua kegiatan belajar dan mengajar harus mengikuti kalender akademik yang dikeluarkan oleh pihak Universitas dan mengikuti Panduan Akademik Universitas yang ditetapkan oleh Rektor.

Dalam pelaksanaan belajar dan mengajar, PPs terus melakukan monitoring dan evaluasi survei tingkat kepuasan di akhir perkuliahan baik terhadap dosen yang mengajar maupun mahasiswanya serta kesesuaian kurikulum. Hasil monev didiskusi bersama rapat para ketua program studi untuk bisa dijadikan acuan perubahan ke depan. Semua monitoring dan evaluasi proses belajar dan mengajar ini diamanahkan ke bidang penjaminan mutu (SJM). Evaluasi kurikulum dilakukan secara periodik yaitu 5 tahun sekali, namun perubahan-perubahan bisa jadi dibuat bila ada kebijakan baru dari pihak rektorat maupun kementerian.

PPs Unsyiah terus melakukan audit mutu internal (AMI) dan indikator kinerja lainnya secara periodik bekerja sama dengan UPT Penjamin mutu Unsyiah. Per saat ini, semua program studi di bawah PPs Unsyiah telah diaudit berstatus TERKENDALI. Kegiatan perjalanan tata kelola organisasi PPS, selalu mengaju kepada Renstra Universitas Syiah Kuala yang kemudian dioperasionalkan dalam bentuk rencana operasional (RENOP). Efisiensi tenaga kependidikan dan peningkatan kualitas pelayanan adalah moto PPS Unsyiah. 

Sejak berdirinya PPs Unsyiah hingga November 2019 telah menghasilkan lulusan sebanyak 7788 orang, dan alumni tersebar ke berbagai sektor baik di Aceh maupun Nasional. Tracer alumni dilakukan secara periodik setiap tahunnya. Program pascasarjana terus berkomitmen meningkatkan kualitas akademik dan mendukung Universitas mencapai cita-citanya yaitu Universitas Unggul.

Kompetensi Lulusan Program Magister:

1. Mempunyai kemampuan mengembangkan dan memutakhirkan ilmu pengetahuan dan teknologi dengan cara menguasai dan memahami pendekatan, metode dan kaidah ilmiah disertai keterampilan penerapannya.
2. Mempunyai kemampuan memecahkan permasalahan di bidang keahliannya melalui kegiatan penelitian dan pengembangan berdasarkan kaidah ilmiah.
3. Mempunyai kemampuan mengembangkan kinerja profesionalnya yang ditunjukkan dengan ketajaman analisis permasalahan, keserbacukupan tinjauan, kepaduan pemecahan masalah atau profesi yang serupa.

Kompetensi Lulusan Program Doktor:

1. Mempunyai kemampuan mengembangkan konsep ilmu dan teknologi baru di dalam bidang keahliannya melalui penelitian.
2. Mempunyai kemampuan mengelola, memimpin, dan mengembangkan program penelitian.
3. Mempunyai kemampuan pendekatan interdisipliner dalam berkarya di bidang keahliannya.